NČA je vlastníkem dvou nemovitostí v Praze a Brně. Obě nemovitosti jsou historické domy situované v centru města.

Starobrněnská 16/18, Brno

Jedná se o vývojově složitý celek tvořený původně dvěma samostatnými gotickými domy. Roku 1615 byly domy spojeny s Domem pánů z Kunštátu. V roce 1713 byl na náklady města celý areál přestavěn na obchodní bazar. Byl tak dokončen stavební vývoj neobvyklé průchozí dispozice se dvěma úzkými hloubkovými křídly, která navazují na Dům pánu z Kunštátu.

Betlémské nám. 5a, Praha

Objekt je pozoruhodný svou historií i úzkým vztahem k Betlémské kapli. Jeho středověký majitel, bohatý měšťan, byl mecenášem Betlémské kaple a předpokládá se, že v domě pravděpodobně žil Mistr Jan Hus. Později objekt sloužil jako Nazaretská kolej University Karlovy. Původně se jednalo o dva samostatné domy, které spojil v hypotetické rekonstrukci gotického stavu architekt Jaroslav Fragner v letech 1949-1953.

Oba objekty jsou pronajaty a příjmy z nájmů jsou trvalým finančním zdrojem nadace.
Pražský dům je v lepším technickém stavu, v jeho prostorách sídlí Galerie Jaroslava Fragnera, restaurační zařízení Klub architektů.
V roce 2008 proběhla v prostorách galerie rekonstrukce, jejíž cílem bylo zvětšit a zkvalitnit výstavní prostory. Vedle toho byly otevřeny nové kanceláře v podkroví objektu, které slouží jako administrativní centrum pro celý objekt.
Od dubna 2009 je otevřena v prostorách bývalého knihkupectví Fraktály nová prodejna knih a designu Futurista Universum.
Současný technický stav brněnského domu není zcela vyhovující a tak částka, kterou vyžadují běžné opravy a údržba, je vyšší než u domu pražského. V prostorách sídlí Galerie architektury, kancelář České komory architektů, jazyková škola BEC, knihkupectví Knižní klub, restaurační zařízení Áčko a kavárna Styx. Prostory po bývalé vinárně U Rytíře zůstávají stále zavřené. Vyžadují poměrně nákladnou rekonstrukci cca kolem 3 mil. Kč, které v současné době nadace nemá k dispozici. Varianta pronájmu prostor druhé osobě, která bude rekonstrukci financovat, je nereálná a riskantní.
Vedle nemovitostí tvoří majetek NČA finanční prostředky z NIF v celkové hodnotě cca 36,5 mil. Kč.
Celková registrovaná výše nadačního jmění NČA činí 69 491 390 Kč – více viz. Výpis z nadačního rejstříku vedeného Městským soudem v Praze oddíl N, vložka 58.